小精灵多比不断上蹿下跳，差一点就把床弄塌了。他是专属于魔法师的精灵仆人，不仅拦截了朋友们寄给哈利的信，还使出魔法将蛋糕砸在哈利姑父邀请的贵宾头上。而他这么做是为了阻止哈利重返霍格沃茨魔法学校，因为那里即将发生的事情非常可怕。

姑父此时很生气，他将哈利锁在家中，然后在窗户上加了铁栅栏，让哈利再也不能回学校学习魔法。到了晚上，罗恩开着一辆飞车飞到哈利窗前，他把钩子挂在铁栅栏上，然后调转车头猛踩一脚油门，直接把铁栅栏拖了回来。姑父瞬间惊醒，立刻冲上前来阻止。好在哈利动作迅速，这才成功拖逃出来。

天亮后，罗恩把飞车开回了家中。而罗恩一家人都是魔法师，家里用的工具都是全自动的，不仅锅会自己刷，就连毛衣也能自己织。此时的哈利遇见了未来的老婆罗恩的妹妹金妮，她也要去霍格沃茨学习魔法。

早餐吃完后，一家人准备去对角巷购买要用的魔法工具。罗恩抓起罐里的某鹿奶粉，一边说着目的地并同时将它扔在地上，整个人瞬间燃起绿火，直接传送到了对角巷。而哈利由于是第一次使用，心中太过于紧张念错了咒语，火焰燃起的瞬间，传送到了翻倒巷。

翻倒巷是魔法世界里的黑市，这里的人都十分的狡诈且怪异。哈利在这里遇到了海格，海格将哈利带离了这是非之地，来到了对角巷。碰巧在书店遇到了赫敏，赫敏顷刻间就把哈利的眼镜修好了。

这时傲娇的马尔福出现了，一开口就对着哈利不断谩骂。而马尔福的父亲卢修斯更加的不可一世，拿起金妮的书，说罗恩一家人都是一副穷酸的样子，只能买得起旧的书。还偷偷放了一个笔记本在里面，他们对自己的魔法师血统有一种优越感，十分看不起父母祖上有麻瓜的混血魔法师。

随后哈利一行人都推着行李准备返回学校，前面几人都成功地穿过了墙体，但轮到哈利和罗恩的时候，两人瞬间撞到了墙上。通往站台的唯一通道好像被施了魔法，而回学校的火车在十一点按时出发，看来是赶不上火车了。

但在这个时候，罗恩忽然有了一个想法。这是一辆能飞上天的汽车，只要轻轻按一下这个按钮，车子就会瞬间隐形。错过火车的哈利和罗恩开着小车及时赶到了霍格沃茨，但当他着陆时，突然失去了控制，撞上了打人柳。而罗恩的魔杖便因此折断了，这时睡得正香的打人柳瞬间暴怒，把他俩直接打了一顿。

好在车子有自己的想法及时逃离，刚到目的地直接把罗恩和哈利丢了出去，再把行李弹了出来，然后一溜烟就跑了。这时候的学校不断发生奇怪的事情，而哈利耳边经常会听到一个怪异声音，但也只有他能听见。他带上罗恩赫敏往声音方向找了过去，却突然发现禁区管理员的猫被石化挂在墙上，还有一行血字留在墙上：密室已经向继承者打开，敌人要当心了。

而这件怪异的事使众人紧张不已，第二天麦格教授在赫敏的要求下，终于说出了埋藏许久的秘密。霍格沃茨是由四位杰出的魔法师共同创立，他们分别是格兰芬多、斯莱特林、赫奇帕奇和拉文克劳。学校的四个学院都是以他们的名字来命名的。

四人当中斯莱特林的想法更为激进，他认为霍格沃茨只接收纯粹血统的魔法师，混血的魔法师不配学习魔法。但是这个想法却被另外三人集体否决了。于是他偷偷在学校里面建了一个密室，并把一只怪物放入了密室中。据说当他的继任者回到学校时，会打开密室释放出这只怪物，并杀掉所有的混血魔法师。可是学校找了多年，也没找到密室位置藏在哪里，最终也只能放弃寻找。

转眼间，又到了一年一度的魁地奇大赛。此时的哈利好像遇到了一个难题，这颗游走球似乎被人动了手脚，发疯般的攻击哈利。最终哈利以一只胳膊脱臼骨折作为代价，顺利地抓住了金色飞贼。而黑魔法教授赶来帮助哈利，结果把手臂骨头给治没了。哈利不得已被送到魔法医务室治疗。

夜晚，精灵多比找到哈利，原来哈利之前无法穿过火车站台和今天游走球失控攻击哈利，都是他做的手脚。目的是让哈利离开霍格沃兹，自从了解哈利击败了伏地魔后，多比对哈利非常的崇拜，而他碰巧知道学校里会发生可怕的事情，他不想哈利出事，这就是为什么一直制止哈利回学校的原因。

哈利想知道学校即将发生什么事情，但这时有人来了，多比果断打出一个响指，就此消失了。而学校被石化的事情接连发生，就连灵魂体也没有逃脱。这一天厕所忽然被淹了，哈利走过去看了看，原来是哭泣的淘金娘开启了水龙头，他说他在冥想时好像有人用什么东西打了他，这令他非常伤心。

这时哈利在地上找到了一个黑色笔记本，仔细翻开后发现这个笔记本可与人进行沟通。笔记本的主人名叫汤姆，哈利问笔记本对密室的事情知道多少，只见笔记本瞬间散发光芒，直接把哈利吸了进去，将它传送到了五十年前汤姆的记忆里。

哈利跟着汤姆来到一个密室，一开门就说海格杀了人，然后强行开启海格身旁的箱子，一只巨型蜘蛛跑了出来。原来海格就是上次开启密室的那个人，蜘蛛就是行凶的怪物。

返回现实后，哈利不敢相信海格会开启密室放出怪物去行凶。这时候更糟糕的消息传来，赫敏也被怪物石化了。哈利、罗恩赶忙找到海格，当面问清事情的真相。海格正要说出事情原委，不料门口传来一阵敲门声，哈利和罗恩赶紧披上隐身衣躲在一旁。

霍格沃兹多次发生怪物攻击混血儿学生的事件，魔法部不得不开始介入调查。自从五十年前汤姆兼具海格后，魔法部质疑海格这次又开启了密室，准备逮捕他送去阿兹卡班监狱。而这时的卢修斯还指使学校的十二名董事将邓布利多校长罢免。

当海格抓走时，故意大声交谈给哈利留下暗示，让他跟着狗子牙牙就能找出事情的真相。海格走后，哈利和罗恩跟着牙牙走入禁林，在一个山洞里面看到了当年逃走的蜘蛛。五十年过去了，小蜘蛛也变成了巨型蜘蛛。

蜘蛛告知哈利，海德从来就没有开启过密室，而自己也不是那个杀人不眨眼的怪物。怪物当年在厕所里面杀了一个女孩，而魔法部却相信是他干的，海格不得已将它藏了起来。

虽然还不清楚是谁开启了密室，但至少明白海格是无辜的，这使哈利如释重负。然后哈利和罗恩找到赫敏，无意之中发现了赫敏手里的一张纸条，原来赫敏在被石化那天找到了怪物，很可能就是蛇怪。因为蛇怪具有石化的能力，至于为什么奇怪的声音只有哈利能听见，因为他是学校里面唯一一个会射老枪的，而漂浮在厕所里面的灵魂淘金娘，多半是被蛇怪杀害。

这个时候众人发现墙上出现一排血字：罗恩的妹妹金妮被一个怪物抓走带到了密室。哈利和罗恩在角落里偷听到了教授们的谈话，马上找到黑魔法教授，却没料到黑魔法教授正在收拾衣服准备逃走。

原来这个黑魔法教授须有其表，没有什么才能，却只会吹牛，来霍格沃茨教学只是混日子罢了。看到这里，哈利、罗恩举起魔杖逼着他去援救金妮。三人来到厕所，找到淘金娘，根据他的回忆，当时他躲在厕所里面哭，忽然听见一个男生走进来说了一句怪异的话，他出来后在水池边看见一双黄色的眼睛，然后就死了。

哈利顺着淘金娘指的方向看去，找到水龙头上刻着蛇的图案，密室的入口就在这里。哈利试着说出蛇的语言，入口顷刻间就开启了，一条幽暗阴森的入口映入眼帘。哈利两人缩使黑魔法教授跳下去，在证实没问题后两人也跳了下去。

而通道里面有一张褪去的蛇皮，教授假装昏倒在罗恩没有任何防备的时候，抢走了他的魔杖，准备对哈利两人施展咒语。但是罗恩的魔杖有问题，咒语瞬间反弹打中自己，不仅把洞穴的入口弄没了，还把自己搞失忆了。哈利也只能让罗恩留下照顾他，自己则前去解救金妮。

哈利跑在一条布满蛇雕像的走廊上，看见金妮躺在地上，而金妮还怀抱着笔记本。这时候汤姆从黑暗里面走出，他是五十年前封存在日记里面的记忆。哈利从汤姆口中明白了事情的真相。

原来学校里对混血魔法师的攻击事件，最初是卢修斯偷偷把笔记交于金妮，从而导致袭击事件频繁的发生。而汤姆当年释放怪物杀害淘金娘，并把责任推到海格的身上，但海格是邓布利多最信赖的人，他看穿了汤姆的阴谋诡计。在此之后邓布利多时刻都在监视他，他也没有任何机会再次打开密室，于是把十六岁的记忆封存在笔记本中，以待后事诱导别人再次开启密室进行清理混血魔法师的计划。

而金妮被笔记本中的汤姆催眠，再次开启了密室，然后在墙上留下血迹并策划了多起攻击事件。但自从汤姆得知哈利还是婴儿的时候，就击败了伏地魔，他便不想再杀混血魔法师了，把目标转变为了哈利。他不清楚强大的伏地魔为何只能在哈利头上留下伤疤，原来伏地魔竟是未来的汤姆，因为汤姆是斯莱特林的传承者，而自己的父亲却是一个麻瓜，这让他从心里觉得厌恶，然后便把名字改为了伏地魔，让所有的人听到这个名字产生味觉不敢提起。